La historia del palacio se remonta a un drama familiar en 1536, cuando Antonio de Molina, tras matar a Alonso Carrillo de Albornoz en un duelo en San Sebastián, se refugió en Vélez-Málaga. Aquí, Antonio se casó con María de Medrano, hija de un alcaide local. Antonio y su hijo Juan se convirtieron en figuras clave para la defensa de la ciudad durante la Rebelión de los Moriscos. Sin embargo, fue Alonso de Molina de Medrano, el otro hijo de Antonio, quien dejó la marca más profunda en la historia del palacio. Inquisidor, consejero real y embajador, Alonso decidió construir un palacio que reflejara su estatus y sirviera como residencia familiar.
La construcción del palacio comenzó en enero de 1610 bajo las directrices de Alonso y se completó en gran medida en julio de 1612. Su coste final ascendió a 3275 ducados. Tras la muerte de Alonso en 1616, su legado pasó a sus sobrinos, los marqueses de Beniel. Sus restos descansan en la capilla mayor del Real Convento de Santiago de Vélez-Málaga, perpetuando así su vínculo con la ciudad.
El Palacio del Marqués de Beniel pasó a ser propiedad municipal en 1861, cuando la marquesa viuda de Beniel y Peñacerrada lo vendió al Ayuntamiento de Vélez-Málaga. Desde entonces, el palacio ha albergado múltiples funciones, desde alhóndiga e instituto hasta juzgados, correos y batallón de infantería. En 1988, tras una exhaustiva restauración, el palacio se transformó en la sede de la Fundación María Zambrano, donde se conservan los valiosos fondos y la biblioteca de la pensadora.
Frente al palacio, los escudos nobiliarios flanquean la entrada principal, anunciando la grandeza que espera en su interior. La fachada manierista, claramente influenciada por Sebastián de Serlio, resplandece con su carácter protobarroco. Al entrar, una escalera imperial de estilo renacentista invita a subir a las plantas superiores, mientras en el patio, columnas de piedra talladas en una sola pieza sostienen arcos de medio punto que evocan una mezcla de estilos clásico y mudéjar.
El interior del palacio es un tesoro de historia y arte. La sala de exposición permanente alberga documentos históricos, fotografías y testimonios del pasado de Vélez-Málaga. La sala dedicada al poeta y pintor Joaquín Lobato muestra los trabajos realizados por los escolares sobre este ilustre veleño, quien también donó su patrimonio al ayuntamiento. En el patio central, los restos arqueológicos hallados en los yacimientos locales ofrecen un vistazo al pasado remoto de la región.
Hoy, el palacio es un vibrante centro cultural donde se celebran bodas civiles, exposiciones y actos culturales. También funciona como colegio electoral y está conectado con el Centro de Estudios del Exilio, que cuenta con un salón de actos con capacidad para 250 personas. En este edificio, el pasado y el presente de Vélez-Málaga se entrelazan, creando un espacio donde la historia cobra vida y la cultura florece.