La nave central, más ancha y alta que las laterales, está cubierta con una bóveda de cañón que oculta la antigua armadura mudéjar. Las naves laterales, de menor altura, se comunican con el presbiterio mediante dos arcos de menor dimensión. Las cubiertas, decoradas con yeserías policromas, se presentan de forma arquitrabada, exceptuando las capillas de la cabecera que poseen bóvedas de aristas.
El coro, ubicado a los pies de la iglesia, está sostenido por dos arcos de medio punto entre machones y semicolumnas. El presbiterio, elevado sobre gradas, está cubierto por un alfarje sobre trompas de artesas romboidales, con perfiles profusamente policromados. El arco triunfal y las enjutas están adornados con yeserías de rocallas y hojarascas, extendiéndose esta decoración por los muros laterales de la capilla mayor y alrededor de los óculos superiores. En esta área se destaca un púlpito de mármol jaspeado con el escudo del obispo Eulate y Santa Cruz.
Retablo Mayor
El retablo mayor, obra de Pedro Pérez Hidalgo entre 1943-1947, sigue el estilo neobarroco y ocupa todo el testero del presbiterio. Está compuesto por un banco, tres cuerpos y un ático. En el banco se representan en bajorrelieve las Virtudes de la Fe y la Esperanza. El primer cuerpo contiene imágenes de San Pedro y San Pablo en los laterales, y en el centro, una imagen de la Inmaculada. El segundo cuerpo alberga a los cuatro Evangelistas y en el centro, una imagen de San Juan Bautista. El tercer cuerpo presenta dos ángeles con trompetas y un Crucificado en el centro, mientras que en el ático se encuentra un relieve del Padre Eterno con mandorla y ráfagas.
Capillas
La iglesia cuenta con varias capillas notables. En la nave del Evangelio, una capilla del siglo XVIII está decorada con una bóveda semiesférica y yeserías barrocas, albergando un retablo moderno que acoge a la Virgen de la Fuensanta. También en esta nave, se encuentra la Virgen de los Dolores y un retablo reciente con la imagen del Cristo del Perdón y de la Veracruz, obra de Castillo Lastrucci de 1937.
En la nave de la Epístola, la capilla bautismal, construida en 1775, está cubierta con una bóveda ovalada y contiene una pila bautismal de mármol del siglo XVIII. Aquí también se ubican la imagen de la Virgen de los Ángeles y un retablo moderno del Sagrado Corazón de Jesús, así como la capilla de Nuestro Padre Jesús Nazareno.
Exterior
El exterior de la iglesia destaca por su amplitud y sobriedad. Su ubicación sobre un plano inclinado se refleja en las tres entradas con imponentes escalinatas realizadas en 1783. La portada principal, de estilo mudéjar-renacentista, presenta un arco de medio punto de ladrillo, enmarcado por pilastras y columnas jónicas, coronado por un balcón de hierro forjado y un óculo moldurado de ladrillo. Las portadas laterales también presentan elementos mudéjares, con arcos de medio punto y decoraciones de ladrillo.
Torre
La torre, situada a los pies en el lado de la Epístola, es de planta cuadrada y se eleva sobre una antigua torre de la muralla de la ciudad. Con tres cuerpos separados por líneas de imposta, el campanario presenta vanos de medio punto cerrados por balaustres de hierro y está rematado con una cubierta de tejas a cuatro aguas.
