Construida en el siglo VI, la basílica es uno de los escasos ejemplos de iglesias visigodas de tipo norteafricano en Andalucía. Su ubicación junto a la desembocadura del río Guadalmina, cerca del mar y de la población de San Pedro Alcántara, sobre una antigua vía romana que comunicaba Cádiz con Cartagena, añade un elemento de conexión histórica y geográfica que solo aumenta su atractivo.
La estructura de la basílica es casi cuadrada, con 11.5 metros de lado, y se distingue por sus tres naves y su doble ábside enfrentado, una característica única de este tipo de iglesias. El ábside occidental, el núcleo principal del templo, tiene una forma de herradura encuadrada en un rectángulo, que a su vez forma aposentos a cada lado. Uno de estos aposentos alberga una pila bautismal tallada en piedra, con una forma exterior de pez y un interior cuatrilobulado, evocando los simbolismos cristianos más antiguos.
Además de su estructura arquitectónica, la basílica de Vega del Mar es también una necrópolis, con más de 180 tumbas de diversas épocas y estilos constructivos. Estas tumbas no solo indican su uso continuo a lo largo de los siglos, sino que también ofrecen una riqueza de información sobre las prácticas funerarias y la vida de las comunidades que la utilizaron.
El descubrimiento de la basílica a principios del siglo XX, durante una campaña para repoblar la zona con eucaliptos, fue un hallazgo monumental que iluminó una parte importante del patrimonio histórico de Marbella.