El cerro de Almodóvar, ubicado junto al cauce del Guadalquivir, ha sido un lugar estratégico a lo largo de la historia. Los primeros asentamientos en el área datan del Paleolítico Inferior, con varios yacimientos documentados, como los de la estación de ferrocarril y la desembocadura del Arroyo del Temple y de los Mochos, que han proporcionado herramientas de piedra como bifaces. También se encontraron vestigios del Calcolítico en una covacha del Cerro del Castillo.
Edad del Bronce y Período Ibérico
El Bronce Final Orientalizante está representado por yacimientos en la confluencia del Guadalquivir y el Guadiato, y en el Cerro del Castillo, donde también se encontraron cerámicas ibéricas y un friso de piedra con escenas de caza datado entre los siglos IV y III a.C.
Época Romana
Durante la época romana, la población se concentraba alrededor del Cerro del Castillo, con hallazgos de ánforas, monedas y tumbas de inhumación. Se asocia generalmente con Carbula, un oppidum mencionado por Plinio. La zona fue importante en la producción y comercio de aceite de oliva, evidenciado por numerosos yacimientos arqueológicos y alfares cercanos al río Guadalquivir. También destacan acueductos subterráneos como los del Cortijo Nuevo y Fuenreal. El hábitat continuó en época visigoda, como lo demuestran epígrafes funerarios del siglo VI y VII.
Período Musulmán
Con la conquista musulmana, se construyó una fortaleza en el cerro en 740, y la localidad recibió el nombre de al-Mudawwar al-Adna, que significa "el redondo". La fortaleza formó parte de la cora de Córdoba, y más tarde de las taifas de Carmona y Sevilla, y bajo los almorávides, volvió a la jurisdicción cordobesa. En el siglo XII, pasó a depender de la corte almohade de Sevilla.
En 1226, el rey musulmán de Baeza fue decapitado en Almodóvar del Río por traición. La localidad permaneció bajo influencia islámica hasta 1240, cuando fue incorporada a la Corona de Castilla durante el reinado de Fernando III. En 1243, fue entregada al Concejo de Córdoba.
Edad Media y Moderna
En 1394, Fadrique de Castilla, hijo ilegítimo de Enrique II, falleció prisionero en el castillo de Almodóvar del Río. Durante el siglo XV, la tenencia del castillo se vinculó a la Casa de Baena y Cabra. La villa fue utilizada como residencia real y prisión, como lo demuestra una orden del Consejo Real de 1491. En 1473, se documenta por primera vez el nombre de Almodóvar del Río.
Durante el reinado de Felipe IV, la jurisdicción y el señorío de la villa fueron vendidos a Francisco Corral y Guzmán. La población disminuyó considerablemente de 1600 vecinos en 1530 a 800 al final de la Edad Moderna, con la mayoría trabajando como jornaleros en el campo. El cultivo principal era el cereal, seguido del olivo y la vid, y la ganadería, especialmente de cabras.
Siglo XIX y Revolución Liberal
La revolución liberal a comienzos del siglo XIX tuvo un gran impacto socioeconómico en Almodóvar del Río. La desaparición del régimen señorial y las desamortizaciones eclesiástica y municipal consolidaron el latifundio, lo que generó una alta conflictividad social, manifestada durante la Segunda República y la Guerra Civil Española.